临床上能够引起早起咳痰是褐色的原因有很多，首先需要判断是否有感冒的情况。

如果感冒，很有可能合并上呼吸道感染或急性咽炎，在这种情况下是可以出现咳嗽、咳褐色痰的症状的。这种情况的话，需要去医院进行胸部CT检查和血常规等相关检查，根据检查结果使用抗生素进行治疗。如果不是近期出现的，而是平时就有这种情况，就要询问患者是否有吸烟史，如果有长期吸烟史，多考虑是慢性咽炎引起的，这时候可以口服慢严舒柠咽炎片等来治疗。