造成胚胎停止发育的原因有很多，主要归为四大类胚胎因素，母体因素，父亲因素以及环境因素。

胚胎因素主要是指胚胎的染色体出现了结构或者数目的异常，以及基因造成的突变。母亲因素包括免疫功能异常、女性生殖器畸形，有严重的肌瘤、性肌瘤、宫腔粘连等器质性疾病。女性身体有严重的并发症以及合并症，比如说感染、心衰、高热等等，还有女性受了一些应激的刺激，以及存在不良的生活习惯。再者父亲精子染色体存在异常，也会影响受精卵的发育。在妊娠期接触了过多的放射性物质以及有毒有害的化学物质，也有可能导致胚胎停止发育。