输卵管系膜囊肿的治疗主要取决于囊肿的大小以及患者的体征。

部分输卵管系膜囊肿可长期保持稳定不发展。因此对于小的系膜囊肿，如果患者没有症状，可以考虑定期随访，每3～6个月进行一次超声检查，暂时不予以手术治疗。如短期内复查迅速增大或患者出现症状，则可以考虑手术治疗。因输卵管系膜囊肿多发生于生育期的妇女，如果必须进行手术治疗，对于年轻有生育要求的患者，可以进行输卵管系膜囊肿剥除术。对于年轻没有生育要求的患者，可以进行患侧输卵管切除术。而对于绝经后的老年女性可以进行患侧附件切除术。