先天性肠梗阻的发病原因为消化道的发育异常，或是畸形所致，如先天性的消化道狭窄或是闭锁、先天性肠扭转、肠神经系统发育不良导致肠蠕动功能出现异常，肠壁发育不良、胎粪堵塞肠道等原因。

故一旦发现有先天性肠梗阻的疾病，首先要去医院检查确诊是什么原因导致的，然后才能根据具体的病情，采取相应的治疗。肠梗阻是指肠内容物在肠道内通过受阻的一种疾病，是普外科常见的急腹症之一，其临床症状表现为腹痛、腹胀，伴有恶心、呕吐以及停止排气排便。故一旦出现上述症状，应及时去医院检查确诊及治疗。