嗜酸细胞性胃肠炎，如能及时治疗，其预后良好。

典型的嗜酸细胞性胃肠炎以胃肠道的嗜酸粒细胞浸润，胃肠道水肿增厚为特点，本病通常累及胃窦和近端空肠，若一旦累及结肠，则以盲肠及升结肠较多见。嗜酸细胞性胃肠炎缺乏特异性表现，可因为流出道梗阻而急性起病，也可表现为腹痛或不适、恶心、呕吐、肠梗阻、腹水等慢性症状，有些病人的症状可持续多年。目前，按浸润程度分类是嗜酸细胞性胃肠炎比较常用的分类方法，粘膜型，此型病变主要累及胃肠黏膜，肌层型，此型病变主要累及肌层，其临床表现为梗阻。浆膜型，此型病变主要累及浆膜层，其临床表现为腹痛，且常伴有腹膜炎。