川崎病不属于重大疾病，在临床上川崎病属于自限性疾病，通过积极的治疗，大多数预后良好。复发见于百分之一到二的患儿。没有冠状动脉病变的孩子出院以后一到二年进行一次全面检查。没有经过有效治疗的孩子百分之十五到百分之二十五会发生冠状动脉瘤，需要长期密切随访。冠状动脉瘤多于病后两年内自行消失，常遗留管壁增厚和弹性减弱等功能异常。大的动脉瘤常常不易完全消失，常可导致血栓形成管腔狭窄。