染色体异常是导致早期胚胎停育最主要的原因，包括染色体结构和数量的异常，异常的染色体可能来自于父亲，也有可能来自于母亲，由于外界有害物质导致染色体发生突变、精子卵子的异常发育，甚至受精卵的缺陷。其次，胎停的原因另外还有感染因素、免疫因素、遗传和物理化学因素，以及激素分泌减少对胚胎的支持减少，另一方面，包括孕妇子宫的畸形、孕妇盆腔的炎症以及免疫性疾病、孕妇年龄较大等。此外还包括烟酒、咖啡以及药物的使用、孕妇的肥胖以及甲状腺功能不全，也有可能出现胚胎停育等等，目前，约有50%的原因不明，胚胎停育与胎盘血管生成减少、血管功能不全、血管内皮生长因子分泌与调节异常有关。