三岁儿童消化不良，可以通过以下的方式来调理。

一，适当的调整饮食结构。短期减少蛋白以及脂肪类食物的摄入，因为他们不容易被消化，应该以清淡好消化的面食为主。

第二，可以口服益生菌和调理脾胃的药物来进行干预治疗，比如健胃消食口服液、神曲消食口服液、参苓白术颗粒、复方鸡内金咀嚼片等等，建议规律口服1到2周的时间来调理孩子的脾胃绿化能力。促进消化能力的提升，改善孩子消化不良的症状。

第三，尽可能的避免暴饮暴食，养成良好的排便习惯，保持大便的通畅。

第四，还可以通过小儿推拿的方式来协同解决问题，改善孩子的症状。