房颤病人的栓塞发生率高，因此抗凝治疗也是房颤治疗的重要内容，对于合并瓣膜病的病人，需应用华法林抗凝。

对于非瓣膜病的病人，需应用心房颤动脑卒中的危险评分和出血风险评分进行评估。对于卒中风险评分大于等于2分者，需进行抗凝治疗；评分1分者，需根据获益与风险权衡，优选抗凝治疗；评分为0分者，无需抗凝治疗。房颤病人抗凝治疗前需同时进行出血风险评估，临床上常用HAS-BLED的系统评分，评分大于等于三分为高出血风险。但应当注意，对于高出血风险的病人，应积极纠正可逆的出血因素，不应将评分增高视为抗凝治疗的禁忌症。