阿米巴痢疾和细菌性痢疾的鉴别最重要的就是致病病原体不同，在粪便中找出致贺菌菌属则可诊断为细菌性痢疾，在粪便中找出阿米巴原虫或者阿米巴包囊即可诊断为阿米巴痢疾。他们的临床表现也是不同的，细菌性痢疾主要表现为畏寒、发热、全身乏力、腹痛、腹泻，它腹泻的粪便性状主要为黏液脓血便。而且大部分的细菌性痢疾患者还伴有里急后重。而阿米巴产品，它主要表现为腹部不适，腹痛、腹泻、寒战、高热、排果酱样便，有腐臭味，另外，在一定的条件下，阿米巴滋养体可蔓延到肝脏、肺脏、胸膜、胆囊等引起溃疡及脓肿。所以这是他们最重要的鉴别诊断。