霉菌性肠炎大多不能自愈，需要积极的抗霉菌治疗，同时需要改善饮食生活习惯，从而避免霉菌性肠炎的复发。要避免过期食物的摄入，不喝生水，不吃未煮熟食物，不吃路边摊，避免刺激性食物的摄入，如辛辣油腻，生冷油炸过酸，过烫过咸以及浓茶烟酒等。要多吃新鲜的水果蔬菜，如苹果，草莓，香蕉，金桔，白菜，玉米，萝卜，黄瓜，冬瓜，丝瓜的，适当体育锻炼有氧运动，增强体质，以抵御疾病的发生。