早上起来肾区疼痛，可能是因为过度劳累、睡觉的姿势不对，如频繁的弯腰、驼背、神杖、输卵管结石或者是肾脏周围炎症导致，还有椎间盘突出以及肾脏周围的器官，如胆囊、胃肠道等，也会引起。

建议到医院做相关的检查，排除疾病可以做一个泌尿系彩超，严重的可以做肾脏、输尿管ct检查，此外还可以做运动系统的检查，如腰部的平片、腰椎和脊髓的核磁共振等等，如果是泌尿系统结石引起，可以根据结石的大小、部位和形状来选择不同的治疗方法，如药物碎石、体外冲击波碎石和微创碎石等等。