男方精子质量不好的情况下怀孕也是可能会发生胚胎停止发育的，因为胚胎停止发育的原因包括胚胎质量不好，染色体异常，激素水平不正常，外界环境影响等等，而胚胎的质量就是由精子的质量和卵子的质量共同决定，当精子质量明显偏低的情况下，所形成的受精卵质量就会下降，在后期的发育过程中，如果出现胚胎异常就可能会导致胚胎停育，但是并不是说只要精子质量不好，就一定会胚胎停育，这是一个概率问题，因为虽然在进行精子质量检查时发现有问题，但是在受孕过程中会有一个筛选过程，只有其中质量最好的精子才能受孕，所以相对来说只是增加了胚胎停育的风险，而不是一定会导致胚胎停育。