肛门外小肉疙瘩要根据确定诊断来决定怎么办：

1.痔疮。除了初期内痔外，中期、晚期的内痔、结缔组织性外痔、炎性外痔、血栓外痔均可以表现为肛门外有小肉疙瘩。如果这个小肉疙瘩不影响你，没有症状，不需要任何治疗，如果出现了轻微的症状，比如说异物感，疼痛感，可以先选择药物保守治疗；无效后可以选择手术治疗，已经严重影响你的生活了，直接选择手术治疗。

2.肛乳头瘤。肛门外的小肉疙瘩确诊为肛乳头瘤时，这已经说明了肛乳头瘤从肛门内脱出到肛门外，此时需要手术治疗。

3.肛周皮肤病，比如说尖锐湿疣，肛周尖锐湿疣是性传播疾病，也就是性病，需要及时的治疗。对于孤立的小疙瘩，可以选择派特灵涂抹，也可以选择激光切除治疗，需要定期复查。