新生儿心脏病是在胚胎发育时期，由于心脏及大血管形成障碍或发育异常，而引起的解剖结构异常。

一般认为，妊娠早期是胎儿心脏发育最重要的时期。先天性心脏病发病原因很多，遗传因素仅占8%左右，而占92%的绝大多数则为环境因素造成。有妇女妊娠期服用药物，感染病毒，环境污染。放射线辐射等都会使胎儿心脏发育异常，尤其妊娠前三个月感染风疹病毒。会使孩子患上先天性心脏病的风险急剧增加。