亚临床甲状腺功能减退的原因首先是由于乔本甲状腺炎所导致的，桥本甲状腺炎或其他自身免疫性甲状腺炎导致亚临床甲状腺功能减退的情况是比较多见的一般。

一般TSH在小于十的情况下，不需要特殊的诊治，只需要定期复查就可以，另外导致亚临床甲状腺功能减退主要是原发性甲状腺功能减退，在排除其他原因如垂体以及自身免疫性甲状腺炎导致的甲状腺功能减退原因之外考虑原发性甲状腺功能减退治疗的原则也是促甲状腺素大于十以上，再考虑使用替代治疗。

另外出现亚甲炎可能近期有免疫放射等接触，导致甲状腺的一个新的损伤出现，亚临床甲状腺功能减退，它的治疗原则一般是促甲状腺素大于十，考虑进行优甲乐药物替代治疗，而其他情况如果合并严重的血脂代谢紊乱，冠心病可以考虑小剂量替代治疗，另外妊娠期准备怀孕的妇女一般要将促甲状腺素控制在2.5以下。