月经干净后腰疼最主要的原因考虑有可能存在着慢性的盆腔的炎症性疾病，如果说是存在慢性盆腔炎症性疾病的话，可能会出现小腹部疼痛伴有腰疼的感觉，如果说只有腰痛的话，考虑有可能存在着泌尿系的异常，比如说泌尿系的炎症或者是泌尿系的结石，如果说存在肾绞痛的话，也可能表现为腰疼。这种情况下，一定要及时的到泌尿外科就诊检查，根据检查结果及时的给予相应的治疗，而且在月经期间一定要注意保持外阴的清洁卫生干燥。尽量的避免感染性疾病的发生，避免炎症性疾病的发生，一定要注意尽量的适当的休息，避免久蹲，久站，久坐，避免长时间一个姿势。