胚胎停育可以发生在妊娠的任何时候，但是大多数是见于妊娠的早期，就是妊娠前三个月。

女性在怀孕以后，那么妊娠早期是胚胎发育最敏感的时候，特别是胚胎停育，大部分都发生在妊娠的前三个月，那么胚胎停育发生的时间越早。说明这个受精卵质量不好，自然淘汰的可能性就越大。发生胚胎停育的原因是很多的，其中包括女性本身的身体条件，比如说黄体功能不足、孕酮低，比如说患有其他的慢性严重疾病，而没有得到很好的控制，像免疫系统的疾病，高血糖没有控制等等，或者是在孕早期接触了有害的药物以及放射线，都有可能导致胚胎停育。但是，停育最重要的原因，大约有50%左右都是因为受精卵本身的质量不好，自然淘汰所导致。