骨囊肿一般不严重，对于骨囊肿体积较小且症状表现不明显的患者一般无需进行特殊治疗，只需定期复查查看骨囊肿硬化即可。对于骨囊肿体积较大且发展较快的患者以及有明显症状表现者应及时通过手术的方式进行治疗。

如果同时合璧性骨折，有时骨囊肿可治愈。如果是儿童患者可通过腔内注射药物进行治疗，通过手术一般都可以使囊肿消失，可以使骨骼组织得到修复，患者的临床症状表现消失，合并病理性骨折的患者一般在骨折愈合后骨囊肿也会缩小或愈合，无需再针对骨囊肿进行治疗，胆骨囊肿未愈合者需要进行手术治疗。