疱疹性咽峡炎不是手足口病，但都属于肠道病毒感染。

同一个人可以得多次疱疹性咽峡炎或手足口病，因为不同型的肠道病毒之间无交叉免疫，每一次不同型的可致病肠道病毒感染后，均可能导致疱疹性咽峡炎和手足口病。部分手足口病可能只表现有疱疹性咽峡炎的症状，也就是没有出现皮疹或者在初期表现为疱疹性咽峡炎，后期出现皮疹。换言之，罹患疱疹性咽峡炎后，如果出现了皮疹，需要考虑是手足口病。因此，疱疹性咽峡炎也有可能是一种特殊类型的手足口病，但疱疹性咽峡炎不意味着就是手足口病。因此，无论是诊断疱疹性咽峡炎也好，诊断手足口病也罢，都可以或建议按手足口病来对待处理。