卵巢囊肿的分类很多，巧囊只是其中之一。

巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，异位到卵巢上，月经来的时候卵巢也是有出血的，所以就形成了巧克力囊肿，这个没有很好的根治办法。其他的卵巢囊肿，通过手术就可以治疗，有的生理性的囊肿月经后自然消失，不需要处理。较大的囊肿，通过手术剥除以后就不会再有囊肿了。但是巧克力囊肿，不论是药物还是手术治疗，都不能得到彻底的治愈，有可能再次出现，复发几率还是很高。都属于良性疾病。只要囊性包块，基本上不是恶性的，恶性的一般偏实性一些。卵巢上发现包块，不论怀疑是良性还是恶性的，都建议查女性肿瘤标志物。