宫颈纳氏囊肿其实是子宫颈的生理变化，主要是由于子宫颈转化区的鳞状上皮细胞取得柱状上皮细胞的过程中，新生的鳞状上皮覆盖了子宫颈腺管口或者是伸到腺管内将腺管口阻塞，也就导致了腺管内分泌物引流受阻，所潴留形成囊肿，或者是子宫颈局部的损伤，或者是子宫颈慢性炎症，导致腺管口狭窄，同样也引起了腺体的分泌物引流受阻，潴留形成子宫颈纳氏囊肿，子宫颈纳氏囊肿通常是不需要处理的，但对于深部的纳氏囊肿，可能在子宫颈表面看不出任何的异常，仅表现为子宫颈肥大，这种情况需要与子宫颈腺癌相鉴别，因此也建议女性定期的进行宫颈癌筛查。