衣原体气管炎有治愈的可能，但是也有逐渐加重的可能，衣原体气管炎的治疗，以正规抗感染治疗为主。

治疗上首选大环内酯类抗生素如阿奇霉素或罗红霉素，如果患者症状较重，还需要联合其他广谱类抗生素，常用的其它广谱类抗生素包括喹诺酮类抗生素如左氧氟沙星和莫西沙星等，青霉素类抗生素如阿莫西林和哌拉西林等，止咳化痰药包括氨溴索口服液、羧甲斯坦口服液、急支糖浆、甘草合剂、川贝枇杷膏等，解痉平喘药物包括氨茶碱片、茶碱缓释片、二羟丙茶碱片、多索茶碱片等，在服药的同时要戒烟酒、忌辛辣。