两者的区别在于甲减是结果，桥本甲状腺炎是原因，也就是说桥本甲状腺炎引起甲减的病因之一。

甲减分为原发性甲减、中枢性甲减、甲状腺激素抵抗综合症。原发性甲减是因为甲状腺本身缺陷，如自身免疫、甲状腺手术和碘131治疗导致的甲减。其中桥本甲状腺炎是最常见的病因，这是自身免疫性甲状腺炎的一个类型，是遗传和环境因素共同作用下，产生了针对甲状腺组织的特异性抗体而引发的疾病。目前尚无针对病因的治疗方法，一般主张定期随访甲状腺功能，出现甲减，则应用甲状腺素制剂替代治疗。