腺肌症不孕可选择药物治疗或者病灶挖除术。药物治疗可选择达那唑、孕三烯酮和促性腺激素释放激素激动剂，这些药物的作用机理主要是抑制卵巢的雌激素、孕激素的合成，并增加雌激素、孕激素的代谢，直接与肌壁间的内膜雌激素、孕激素受体结合，抑制内膜细胞增生，最终导致内膜萎缩，从而增加受孕的可能性。

病灶挖除术主要适用于子宫腺肌症合并子宫腺肌瘤的患者，但术后有复发的风险，如果术后联合药物治疗则效果更好。