肾结石导致的肾萎缩可以不用特殊处理，如果肾结石导致的肾萎缩时间长了以后，出现反复的泌尿系统感染，甚至是肾积脓等情况，那么就要通过手术将萎缩的肾脏切除。

肾结石导致肾萎缩说明肾结石的临患时间非常的长，患者没有提到足够的注意力，所以使病情发展到这个地步。肾结石在早期存在于肾盂内，不会引起明显的梗阻及刺激症状，但是随着时间的推移，结石会逐渐的增大，最终占满整个肾盂，甚至是肾盏内部。临床上称这种石头为鹿角状结石。这种情况下，肾盂内的压力增高，肾皮质及髓质的血供受到阻碍，进而就会出现肾脏的萎缩。