胚胎停止发育的主要原因通常和胚胎因素、母体因素、父亲因素以及环境因素有关。

胚胎本身的染色体，无论是在树木数目或者是结构上存在异常，就容易出现胚胎停止发育，而且发生的时间越小，胚胎的染色体异常情况就越高。

其次，母体本身的一些因素，比如子宫存在先天的畸形，宫腔有粘连、子宫肌瘤，这些因素都会导致胚胎着床的环境受到改变，影响胚胎的着床和发育。

还有就是母体本身的免疫因素、内分泌因素，比如说黄体功能不全、多囊卵巢综合症、甲状腺功能异常。孕妇在怀孕早期就是接触了一些有毒有害的物质，放射性物质，父亲的精子染色体出现了异常。这些因素都会导致胚胎停止发育。