扁平疣的治疗方法，包括外用药物治疗、物理治疗及系统药物治疗，其中主要采用外用治疗和物理治疗，系统药物治疗多用于皮损数目较多或久治不愈的患者，其中，外用药物治疗可以采用0.05%到0.1%的维a酸软膏，每天1到2次外用，及5%的咪喹莫特乳膏，每周外用三次治疗，两种药物都有一定的疗效。

物理治疗主要包括冷冻、电灼、刮除、激光等，主要适用于皮损树木数目较少的患者，系统药物治疗目前尚无确切有效地抗HPV治疗药物，可使用免疫调节剂，如干扰素、左旋咪唑等，中药治疗以清热解毒、疏风平肝散结为治疗原则，有时候可获得较好的疗效。