子宫颈腺囊肿的发生原因主要是子宫颈转化区内鳞状上皮在取代柱状上皮过程中新生的鳞状上皮覆盖子宫颈管腺口或者深入线管内将线管口阻塞，导致腺体分泌物引流受阻，潴留形成囊肿。另外子宫颈局部损伤，或子宫颈慢性炎症也会导致线管口狭窄，出现子宫颈腺囊肿的形成。

子宫颈腺囊肿绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化，通常情况下不需要特殊的处理，但是深度的子宫颈腺囊肿，由于子宫颈表面没有明显异常，仅表现为子宫颈肥大，还是需要与子宫颈腺癌辨别的。所以有子宫颈腺囊肿的女性，建议定期进行宫颈癌筛查，以排除恶性病变。