小儿扁桃体发炎，伴有咳嗽时，应该给予小儿以消炎药，如阿莫西林以及止咳类药物，如金振口服液等药物治疗。

同时应根据具体不同的伴随症状给予不同的药物治疗。小儿扁桃体发炎多为细菌感染，常见的为链球菌，需给予抗生素治疗。另外，由于小儿抵抗力较弱，因此常易并发病毒以及细菌混合感染，故需携小儿医院就诊，行血常规检查，根据淋巴细胞以及中性粒细胞的数值进行评估，是否有合并病毒感染，以及是否有进行抗病毒治疗。