如果出现胚胎发育不好，病人染色体异常是常见的原因，多在怀孕6至12周之间流产。也有个别患者，发生生化妊娠，在怀孕六周之内流产。

B超尚未看到宫内孕囊，孕囊就随同经血一起排出体外，也有个别人表现为孕12周之后的晚期流产，比较少见。除了胚胎因素，流产也和子宫畸形相关，有时也与女性免疫性疾病相关。