肛周脓肿手术，如果手术操作良好，以及个人的身体状况良好时，一般不会有什么特殊的后遗症。

但是肛周脓肿手术以后会有形成肛瘘的可能性，主要是由于肛周脓肿特别是感染比较严重，范围比较大时常采用切开引流手术方式，无法将病变的组织完全切除，脓液流尽以后一般会形成肛瘘的可能。但是结合术前的检查和术中的探查，如果有明显的内口时，建议一并处理，这样可以减少术后形成肛瘘的可能性。