产后39天的时候恶露还没有干净，肯定是不正常的。

这种情况下考虑很有可能是子宫复旧不良。可以口服新生化颗粒，以及益母草胶囊，帮助子宫恢复。当然最好直接先去医院进行检查。首先要做B超了解情况，如果B超没有问题，那么还需要同时做一下hcg的检测，排除滋养叶细胞疾病。如果都没有问题，那么最好看一下中医。请注意医生把脉辩证后中药汤剂口服，帮助子宫复旧，这样会更好，更有针对性。