导致中枢性闭经的原因有很多，比如说精神应激。在突然或长期精神压抑、紧张、忧虑、环境改变、过度疲劳、情感变化、寒冷等均可引起神经内分泌障碍而导致闭经。其机制可能与应激状态下下丘脑分泌的促肾上腺、皮质激素释放激素和皮质素分泌增加有关，进而刺激内源性阿片肽和多巴胺分泌，抑制下丘脑分泌促性腺激素释放激素和垂体分泌促性腺激素。而体重下降和神经性厌食也会导致闭经，长期的剧烈运动或者芭蕾舞、现代舞等训练也容易导致闭经。长期应用一些甾体类避孕药或某些药物，也会出现药物性闭经。另外，颅咽管的肿瘤，瘤体增大会压迫下丘脑以及垂体，也会引起闭经。