小肚子两边隐隐作痛可能是由于各类的妇科疾病或者肠道疾病，也有可能是腹部肌肉拉伤、劳损或者是一些泌尿系疾病引起的。

女性患者如果出现小腹隐痛常常是考虑妇科疾病导致的，比如阴道炎、盆腔炎、异位妊娠、输卵管炎以及卵巢囊肿等疾病，这时候建议去妇科进行检查。一些肠道的疾病也会引起小腹隐痛，比如慢性的结肠炎、溃疡性结肠炎或者结肠肿瘤都会导致这种症状的出现，如果锻炼不当或者长期拉伸腹部肌肉会造成腹部肌肉的劳损，也会引起这类症状。另外，一些泌尿系的疾病，比如泌尿系结石、泌尿系肿瘤也会引起这类症状的出现。