39周羊水过少，胎儿发生畸形的可能性是非常小的。

已经是足月妊娠了、羊水吸收所以量少是比较常见的，足月妊娠后羊水过少就尽快进行分娩，孩子娩出来之后再做检查就更好了，只要之前的检查是正常的，39周发生胎儿畸形的机会基本上是没有的，如果之前就有问题，通过检查就能发现的，39周羊水过少还是考虑和足月有关系，羊水已经变少了，这个时候就应该住院进行促进宫缩的治疗，宫颈不成熟的先促宫颈成熟，然后再使用缩宫的药物进行催产，孩子娩出来之后脱离这个环境就更安全了。