药物流产之后第二天肚子疼的原因，考虑可能是由以下几种情况：

第一种情况考虑可能是药流不全，从而宫内有残留物所导致的子宫有刺激引起子宫痉挛收缩，导致子宫疼痛，这种情况需要及时的到医院做b超检查进一步的明确宫腔内是否有残留，若宫腔内提示有残留物，此时需要进一步的行清宫手术，然而，清宫手术也是有一定的风险，可能会出现感染进一步的加重或者出现出血等风险。

另外，药物流产肚子疼痛的第二种情况考虑可能是由于盆腔炎所导致，这种情况也常伴有下腹部的疼痛。