椎管内囊肿手术一般是不会有后遗症的。

但是，如果椎管内的囊肿比较大，与神经组织粘连比较严重，我们在手术剥离的过程中就很容易损伤我们的马尾神经或硬膜囊，导致脑积液漏或马尾神经的损伤，就会有不同程度的后遗症，比如脑积液漏会出现头部的疼痛等情况。如果出现马尾神经的损伤，那么也有可能导致大小便出现失禁等异常的问题。所以我们一定要根据囊肿的大小选择尽早的治疗，如果我们有就医的条件，尽可能选择大一点的医院。尤其是到一些比较专科的医院进行就诊，这样通过显微镜下进行手术的治疗，减少神经的损伤可能。