肺炎克雷伯菌根据其药敏实验等结果，抗感染治疗，可以选择β内酰胺类的药物，而重症的患者可以联合氨基糖甙类和喹诺酮类。

在抗生素使用频率较低，耐药率较低的地方，根据药敏实验，其往往是敏感的肺炎克雷伯菌。可以选用第1至3代的头孢菌素，或者是广谱的青霉素。但是如果发生在第三代头孢菌素广泛耐药的地区，肺炎克雷伯菌可能会产生eSBl株流行，常常是多耐药的肺炎克雷伯菌。这时，在必要的情况下，可以考虑使用碳青霉烯类的抗生素，其具体抗生素选择需要结合患者的痰培养，以及具体药敏试验结果选择敏感的抗生素，可以提高其抗感染疗效。