怀孕16周小腹隐隐作痛，一般有以下几种因素：

第一、可能是生理性的腹痛。随着子宫增大，下部胀大，以及盆腔内韧带的牵拉会表现为下腹部隐隐作痛，但一般都能忍受，不伴有阴道出血、彩超无异常的表现。

第二、就是常说的宫缩痛，妊娠12周以后，随着子宫的增大，子宫会不规则的进行收缩，偶尔会出现腹部的隐痛，但都能忍受，宫缩的频率不强，持续的强度不大，要与先兆流产相鉴别，必要时需去医院就诊。

也有病理性的因素，最常见的就是先兆流产和早产，如果小腹隐痛，伴随着阴道出血、腰酸腹坠、疼痛不缓解，需要立即就医，必要时住院保胎。

因此，怀孕16周小腹隐隐作痛，要积极的去医院进行排除，排除生理性的因素以后，才能回家放心的观察。