巧克力囊肿在年轻女性卵巢功能正常的情况下，一般不用药物是不会缩小的。

但有时候B超检查到卵巢巧克力囊肿有缩小的情况，常常与B超检查误差有一定的关系。比如有时候因为测量的角度或者测量的手法影响，而使得最终检查结果会减小一些。如果应用激素类的药物来抑制此激素的作用，也可以有缩小的可能。如同时绝经之后雌激素水平下降，也有可能卵巢巧克力囊肿逐渐萎缩，逐渐消失的可能。但是如果巧克力囊肿本身体积比较大的情况，建议尽早做手术，否则可能会发生囊肿破裂或者蒂扭转等急性腹痛的症状，如果发生则需要急诊手术。