婴儿恶性肿瘤的病因目前尚不是特别清楚，大体认为和孩子的先天遗传因素以及后天的环境因素共同作用下导致的。部分恶性肿瘤和胎儿基因缺陷或者宫内感染病毒细菌的微生物，遭受射线的辐射或药物影响等先天因素有关，还有一些恶性肿瘤发生和患儿接触有毒有害物质，有一定的关系，比如甲醛等等。近期还有研究发现，二手烟、肥胖也和儿童的恶性肿瘤有一定的关系。当孩子存在一定的先天遗传因素之后，在后天的不利因素的影响下，有可能会导致孩子体内癌症基因的早期激活，从而导致恶性肿瘤的发生，儿童恶性肿瘤最常见的是白血病，约占全部病例的30%，第二位的是中枢神经系统的肿瘤约占20%，其次是淋巴瘤约10%。