直肠里面很痛原因比较多，最常见的是肛门直肠一些疾病。

比如痔疮、肛裂、肛周脓肿或者功能性肛门直肠痛等等。鉴别诊断还需要看一些伴随的症状，比如是否有出血、是否有红、肿、热、痛的情况，或者是否有腹部以及其他部位的不适。为了进一步明确诊断，首先要去医院进行肛门指诊，这样可以初步明确肛门以及直肠中下段相关病变。必要时还要结合肛门腔内彩超、肠镜、盆底肌电图、肛管压力测定等相关检查来明确诊断。