川崎病的病因目前并不是非常的明确，但可能目前认为的病因主要包括以下三个方面，首先是感染的原因可能有一定的关系，比如各种病毒感染如EB病毒等，或者是支原体感染，还有细菌感染，如β溶血性链球菌感染，葡萄球菌感染，或者是立克次体感染，丙酸杆菌感染等。还有免疫的机制有一定的参与，在急性期的时候机体存在免疫失调的情况，可能与机体当存在各种感染的病原菌之后引发机体的免疫机制有关系。其他的方面，包括药物或者是一些化学的物质，而机体对他们有过度的敏感。