眼睛的囊肿多是由于局部的炎性细胞反复发作，炎性浸润造成的局部粘膜及囊壁细胞的反复增生，机化包裹局部分泌物，形成了眼睛囊肿的临床表现.

眼睛囊肿分为两种，一种是眼睛表面皮肤皮脂腺反复发炎形成的囊肿，表现多见于皮脂腺油脂分泌阻塞，继发了细菌感染之后，形成慢性炎性反复发作刺激，最后机化形成的囊肿，另外还有一种叫做睑板腺囊肿，是由于分泌油脂的睑板腺阻塞，本身其是用于润滑眼睛的，但是当睑板腺油脂分泌阻塞后，继发形成细菌或病毒感染，造成局部囊壁细胞及炎性细胞的浸润混杂，造成局部黏膜机化纤维化，形成囊肿的表现，一般囊肿是需要进行手术干预治疗的。