导致肾囊肿的发病原因通常是先天性因素，也就是遗传因素导致的肾囊肿发生。

肾囊肿是肾脏囊性疾病，它是指在肾脏出现单个或多个内含液体的良性囊肿的一大组疾病分类，临床上非常常见。肾脏是易患囊肿的器官，尽管不同的囊肿组织相似，它们的数量、部位和临床特征却不一样。一些肾囊肿是由肾单位连接的小管和集合管扩张而来，一些囊肿为球形或者纺锤型，类似于憩室，位于肾单位的不同位置。其他囊肿可能和肾小球肾小管和肾盏相同或不同，或者是最初相通，而后来不通。