不同类型痛经的病因不同，原发性痛经主要与月经来潮时子宫内膜前列腺素含量增高有关；继发性痛经主要考虑与盆腔器质性疾病有关，常见的有子宫内膜异位症、子宫腺肌病等。

目前，原发性的闭经，主要考虑在月经来潮时，子宫内膜会产生一种前列腺素，前列腺素的含量增高，可以引起子宫的过强收缩、血管痉挛，造成子宫缺血、缺氧进而出现痛经。此外，血管加压素内源性缩宫素物质增加以及某些肽类物质的增加，也可能会引起原发性的痛经。对于一些继发性的痛经，目前主要是考虑与子宫内膜异位症、子宫腺肌病以及盆腔的一些慢性感染、子宫肌瘤或者是子宫内膜息肉、宫颈或宫腔粘连狭窄以及其它的生殖道畸形有关。