巧克力囊肿有褐色分泌物，考虑可能与卵巢实质病变无排卵黄体功能不足或者合并有子宫腺肌病和子宫肌瘤等有关系。

巧克力囊肿典型的临床表现为继发性痛经进行性加重和不孕，以及月经异常改变，例如月经量增多，经期延长或月经淋漓不尽，或者月经前期点滴出血。另外，有部分患者可出现性交不适，多见于直肠子宫陷凹有异位病灶或因局部粘连，使子宫后倾固定者。当巧克力囊肿发生破裂时，可出现急腹痛，表现多发生在月经前后，性交后或者其他腹压增加的情况。