脑干萎缩程度不同、症状不同。在临床上，如果是由于年龄的老化出现的生理性的轻度脑干萎缩，一般没有明显的临床症状。但是如果是病理性的脑干萎缩，患者就会出现相应的神经功能缺损的症状。

比如患者可以出现头晕、吞咽困难、饮水呛咳、肢体的无力、僵硬、眼球震颤等等临床症状。而且引起脑干萎缩的常见疾病都是一些遗传性的疾病，或者是神经的变性疾病。常见的有多系统萎缩和进行性合上性麻痹等等。此类疾病在治疗上都是比较困难，很难治愈。一般都会随着时间的增长，病变越来越严重，患者的症状也会越来越严重。