导致胚胎停止发育的原因十分复杂，无论是夫妻双方的问题还是胚胎本身的问题，或者是环境等客观因素，都会导致胚胎停止发育。

胚胎的染色体异常，占了胚胎停止发育的大部分，而且胚胎停止发育发生的时间越早，染色体异常的概率就会越高。其次还包括免疫因素，如母体排斥，一些抗磷脂综合症。还有就是母体的内分泌因素，比如黄体功能不足、多囊卵巢综合症、高泌乳素血症、甲状腺疾病和糖尿病。母体的解剖因素，如生殖器发育的异常，比如说子宫本身是畸形的，或者合并了肌瘤、腺肌瘤都会导致胚胎停止发育。而且在怀孕期感染了一些病毒微生物，也会导致胚胎停止发育。产妇在怀孕时过于紧张、焦虑，接触了一些有毒有害的化学物质，或者是放射性物质，也会导致胚胎停止发育。